1、控制对象不同：

电子厂洁净厂房：也就是行业术语里面的工业洁净室，以无生命微粒的控制为对象。
医药厂洁净室工程：也就是我们通常行业术语里面的工业洁净室，以有生命微粒的控制为对象。
2、技术控制的不同：
a.厂房工艺不同:医药厂房一般面积不大，房间多，电子厂房面积大，房间少.
b.人流污染控制不同：药厂的人流一般是更衣净化就行了，而电子厂房是人流较复杂。
3、洁净技术点控制不同：
a.电子厂洁净厂房:一般以控制温度、湿度、洁净度，三点为基础要求控制，精度高，外加噪音，防静电，防腐蚀，灯光照度，正压等要求。
生物制药洁净室工程:以洁净度为主,温度，湿度，防菌及病毒为辅，压力，噪音及照度相配合,空调设备及材料不能产菌和提供适合生长场所。
b.医药净化主要对细菌和流程控制严格，而电子厂洁净厂房主要对洁净度控制严格。电子洁净:空气洁净度,浮尘控制,气流组织,
医药洁净:主要是细菌.当然也要前提也是没有微尘作为细菌的载体.

4、采用的气流组织不一样:医药净化现在多采用乱流洁净室，在万级条件下增加百级保护，比较经济实用。电子净化多采用层流洁净室，造价较高。